論文三件組

前陣子分享的論文評讀工具（讓 Claude 幫忙做品質評讀跟內容整理），有朋友回我一句很實在的話：工具是好用，但每次都得自己先去把 PDF 生出來，最煩的其實是這一步。 真的是這樣。要讓 AI 幫你讀論文，你得先拿得到全文。而拿全文這件事，卡住的通常不是 AI，是權限、是出版社、是圖書館。 所以論文三件組裡最後一塊、也是最痛的一塊，今天終於補上了：paper-fetch（MIT 開源）。給它一個 DOI，它會自己走完整條路，把全文 PDF 抓下來。 階段 工具 做什麼 發現 論文學習雷達 paper-radar RSS／PubMed 餵新論文，依興趣排序 下載 paper-fetch DOI → 全文 PDF 評讀 paper-review-and-digest 品質評讀、內容整理 — 它怎麼運作？一道由便宜到麻煩的階梯 整個設計只有一句話：先走最便宜、最正當的路，失敗才往下掉。 第一層：開放取用（open access） Unpaywall、Semantic Scholar、PMC／Europe PMC，還有藏在文章網頁裡的 citation_pdf_url meta tag（那正是 Google Scholar 拿來索引 PDF 的東西）。這層零金鑰、開箱即用，你只要在設定檔填自己的 email。沒有圖書館資源的人，能接的來源我都接上去了。 第二層：出版社官方的文字探勘 API（text-mining API） Elsevier、Wiley、Springer 都有正式開放給文字探勘用的 API，自己去申請一把金鑰就好，是完全被允許的管道。這層跟盜版一點關係都沒有，只是大家很少知道它存在。 第三層：自己醫院圖書館的校外連線 用你自己的帳號登入，抓你們醫院本來就有訂的期刊。它只是把你原本會手動做的那一串點擊自動化，不是繞過付費牆。 第四層：投降，但投降得有用 全部失敗的話，它會把圖書館的 SFX／OpenURL 連結印出來讓你手動去點，而不是丟一個 error 就沒了。 沒有 Sci-Hub，沒有盜版路線。 每一層都是你本來就有資格走的路。 — 最花時間的是什麼？把每一家出版社的脾氣摸清楚 這是我覺得整個專案最值得分享的部分。DOI 換 PDF 聽起來像一行程式，實際上每家出版社的做法都不一樣，而且沒有文件可以查，只能一篇一篇撞出來。目前摸清楚、而且用真實文章驗證過的有 20 幾條路線，收斂成四種形狀。 ...

前面分享的論文學習小站，有個「品質」、「內容」按鈕，那時沒有把背後的實作放出來。算是個有前端網頁，但後端還是要靠自己整理的平台。不過我自己的實作，當然後端還是要接給 AI，減輕認知的負荷，這裡就是把後端兩個 skill 分享出來，加速大家學習速度囉！ — 一個負責「這篇可不可信」 第一個叫 paper-review，做的是 journal club 那種評讀。 依研究設計自動選對工具 它會依照論文的類別，選用建議的評讀工具，隨機對照試驗（randomized controlled trial）用 Cochrane RoB 2、觀察性研究用 ROBINS-I、系統性回顧用 AMSTAR-2、診斷準確度用 QUADAS-2，而不是拿一張萬用 checklist 硬套。這件事聽起來理所當然，但你知道大部分「AI 幫你看論文」其實就是一張萬用 checklist 套到底。 引用查核：先確認文獻「真的存在」 我最喜歡的一關是引用查核。它會先去 CrossRef 確認每一篇被引用的文獻「真的存在」，再比對「論文說這篇文獻講了什麼」跟「這篇文獻實際上講了什麼」。 為什麼要先查存不存在？因為 AI 寫出來的引用，沒稽核的話正確率其實只有四到八成，假 DOI、張冠李戴的狀況比想像中多。所以這一步是一個很便宜、但很有用的防呆。 統計顯著不等於臨床顯著 還有一個地方我很堅持：統計顯著不等於臨床顯著。所以它會把效果量拿去跟量表的最小臨床重要差異（minimal clinically important difference, MCID）比，p 值小於 0.05 但根本沒過 MCID，它就會直接講出來。 整體借鏡了林協霆醫師的分享，還有之前學 EBM 的內容，大家也可以再加入你覺得重要的部分。 — 重點：我不讓 AI 靠「印象」給分 這是這次我自己覺得最有意思的部分。 一開始我讓 Claude 自己算證據等級（GRADE）、自己判斷「結論有沒有超過資料能支撐的範圍」。但我後來覺得不對，因為這種東西讓語言模型「憑整體感覺」給一個分數，它其實很會講得頭頭是道，可是你沒辦法檢查它到底怎麼得出來的。 所以我乾脆寫了兩支確定性的小程式，把「判斷」跟「計算」分開： grade_judge.py：把 GRADE 變成算術 語言模型只負責評五個面向（risk of bias、inconsistency、indirectness、imprecision、publication bias），每個面向給「不嚴重／嚴重／很嚴重」。真正的最終等級由程式加總算出來，不是模型自己講。模型自報的等級只當參考，如果跟程式算的不一樣，程式還會跳出來提醒「這兩個對不上，回去重看某個面向」。 它甚至會幫你擋掉 GRADE 的規則錯誤，例如觀察性研究只要有任何一項被降級，就不准再往上升級，這個規則模型很容易記錯，程式不會。 argdown_lint.py：把結論的邏輯漏洞變成可以檢查的東西 這支更好玩。語言模型負責把論文的結論、還有每一個「用來支撐結論的發現」標上類型（這是隨機對照試驗的直接證據？還是只是相關性？還是只是替代指標？還是只是次要 outcome？），然後由程式判斷這個推論跳得合不合法。 例如「用替代指標的改善，去宣稱對真正的臨床終點有效」、「用相關性去宣稱因果」、「用單一研究去宣稱『一致地顯示』」，這些都是論文 spin 最愛躲的地方。程式抓到就直接標紅、回報有漏洞。 ...

前陣子分享了我自己做的論文讀書小站，收到不少訊息問「這個我也能用嗎？」、「到底怎麼運作的？」。這篇就好好把它講清楚，順便告訴你，我已經把它整理成開源版本放上 GitHub 了。 先講我想解決的問題。 身為復健科醫師，我想追的期刊有幾十本，還有幾位很想跟的作者、幾個一直在關注的主題。傳統做法是把一堆 RSS 訂閱倒進閱讀器或筆記軟體，結果每天累積上百篇，很快就變成一個「永遠讀不完、也不知道從哪讀起」的垃圾堆。最後不是焦慮，就是乾脆不看。 我要的不是「看更多」，而是一個會先幫我篩、幫我排序的雷達，讓我只把注意力放在真正該讀的那幾篇。於是有了這個小站，它大概分成這幾層在運作。 一、自動抓取：把幾十個來源收成一條河 每天清晨，主機會自動去抓幾十個來源：期刊的 RSS、還有用 PubMed 搜尋做的「作者追蹤」和「主題追蹤」。有些期刊的 RSS 很爛或根本擋機器人，我就改用 PubMed 的查詢繞過去，一樣抓得到，而且附帶 DOI 方便後面處理。全部抓回來後自動去重，變成一份乾淨的清單。 二、興趣評分，而且會越用越懂我 這是我最喜歡的一層。每一篇都會用一個「興趣模型」算分數，把我最可能有興趣的排到最上面，雜訊沉到下面。 更關鍵的是它會學。我在手機上滑的時候，看到喜歡的按個讚、沒興趣的略過，這些反應會回頭微調模型的權重。用得越久，它越懂我的口味，排序就越準。這種「你教它、它回饋你」的迴圈，是我覺得比單純 RSS 高明的地方。 三、全文三層：先幫我確認「拿不拿得到」 看到想讀的，最煩的往往是「找得到、但打不開全文」。所以每篇我都先自動幫它標好取得難度： 🟢 開放取用（Open Access）：直接幫我把 PDF 抓下來。 🏥 機構訂閱：自動去查我所屬圖書館有沒有訂閱這本期刊、這篇現在拿不拿得到。 📎 自己補：以上都沒有的，附上連結讓我自己抓，或直接把 PDF 丟上去。 這樣我在滑的當下就知道每篇「能不能讀」，不用一篇一篇點進去碰運氣。 四、一個只給自己看的私密小站 整個站是鎖起來的，只有我進得去，沒有對外公開、也沒有署名。它是我一個人的閱讀桌，手機、電腦打開都是同一份狀態，昨天在捷運上勾過的、今天在醫院打開一樣看得到。介面就是一張張論文卡片，帶著上面說的徽章，還有幾顆動作鈕。 五、勾一勾，剩下的它包了 這是把前面所有東西串起來的閉環。看到喜歡的，我就勾「想整理內容」或「想評讀品質」，跟它說一聲，它就自動：幫我抓全文、把重點整理成筆記、做評讀，最後收進我自己的筆記系統裡。人在外面看到別人分享的好文章，也能直接丟進這個網頁，一樣幫我處理好。 於是我的閱讀從「被上百篇淹沒」，變成「每天滑一滑、勾幾篇、讀它整理好的重點」。省下來的時間跟力氣，比我想像的多很多。 開源出去，也歡迎你打造自己的雷達 我把自己的東西整理乾淨，放上 GitHub 了，附了中英文說明： 👉 https://github.com/drpwchen/paper-radar 它不只能用在醫學。任何有 RSS 的來源，論文、新聞、部落格，都能 fork 去改成自己領域的雷達。想自己架一個的人，可以照著說明走。 補充一下：雷達幫我挑出來的論文，下游是交給另外兩個負責「評讀」跟「整理」的工具去讀的，那部分我後來也整理開源了，寫在這篇。雷達管挑、skill 管讀，兩端接起來才是完整的讀論文流程。 最後講點私心。這個念頭其實在心裡很久了。還沒踏進 vibe coding 之前，我看到吳易澄醫師（運動醫學、復健醫學）做了一個類似的平台，那時候又羨慕又好奇，心想「要是我也有一個就好了」。沒想到現在真的能親手把它做出來，還能整理乾淨分享給大家。 從一個羨慕別人的念頭，到自己動手實現，再到開源分享出去，這種感覺真的很奇妙，也很開心 😊 如果你也常常被讀不完的資訊淹沒，歡迎來看看，也歡迎順手給顆星 ⭐，這對我會是很大的鼓勵。 如果這個工具有幫你省下時間，也歡迎請我喝杯珍奶，讓伺服器繼續轉下去 🧡 請我喝珍奶！